Os jogadores utilizam a tela inferior para navegar com suas unidades em um mapa que se assemelha a uma grade. É possível ordenar comandos como ataque, defesa ou manter a posição. Os Unions também estão presentes no game, e são muito úteis para as batalhas mais intensas.

Há também um medidor de tempo que conta a duração da batalha. Quando este atinge a marca zero, você pode reunir suas unidades e equipá-las com armas e itens antes de entrar novamente no conflito. A tela superior é usada para apresentar as animações e os diálogos que guiam o jogador na trama.

Alguns elementos chave dos jogos anteriores também retornam no game. Um exemplo é a possibilidade de aprimorar os atributos de cada unidade em seus grupos dependendo das armas e equipamentos utilizados. A customização de personagens ainda está presente. Fora isso, Knights in the Nightmare apresenta ataques especiais, que só podem ser utilizados quando uma barra denominada Rage estiver preenchida.